El flujo de la sedimentación de las actividades de construcción y el cambio de uso de suelo tiene el potencial de causar daño severo a los ecosistemas marinos de la región de Loreto. La descarga de sedimento dañará en particular a las comunidades bentónicas que habitan el fondo del suelo marino y que son críticas para el funcionamiento de otros ecosistemas. La cantidad de flujo de sedimento es un importante determinante del daño, como lo es el contenido de dicho flujo de sedimentos. La presencia de desperdicio tóxico asociada con actividades humanas y los desechos de drenaje sin tratar, incrementarán el daño en ecosistemas que son integrales para el futuro económico de Loreto.

El crecimiento del turismo y población residente en Loreto incrementará el número de pescadores explotando las aguas de la región. El aumento del esfuerzo pesquero pondrá una carga adicional a las reservas de pesca que ya muestran signos de sobreexplotación. El modelo de pesca elaborado como parte de este estudio estima el impacto en las reservas de pesca por la cantidad creciente de pescadores. El sistema emplea un algoritmo de búsqueda de pesca que estima el riesgo de captura de los peces que entren a la región. Esto a su vez se traduce en riesgo de sobreexplotación de la pesca y la consecuente pérdida de viabilidad en las reservas de pesca residentes.

La dinámica del modelo opera diferente para especies residentes que para las especies migratorias. Para las reservas de pesca residentes, las actividades de pescadores locales representan la única presión en las reservas de pesca y los pescadores locales son los únicos en sufrir las consecuencias. Para las especies migratorias, las acciones de los pescadores locales tienen un impacto en la pesca de todo el Golfo de California y a su vez son impactados por acciones similares en otras regiones del Golfo. Si consideramos que menos del 20% de las especies son pescadas en temporada, la sustentabilidad de la población está en riesgo. Como vemos en la Figura 24, el nivel actual de esfuerzo pesquero ya está poniendo en peligro a las comunidades de peces. La probabilidad de un colapso mayor en la población de peces se eleva substancialmente con un aumento en la cantidad de visitantes.